Habrá veces en las que se necesite mezclar lenguajes en algún proyecto de ASP.NET y para poder realizarlo es necesario indicarle al compilador donde se encuentran las clases que deben ser compiladas, esto dentro de la carpeta App_Code, asi que si quieren separar en 2 carpetas su código uno para VB y otro para C# deben crear la carpeta e indicarle en el Web.Config la ruta de los nuevos directorios de código.
c'ya